Hyppigheten av desinfisering av et stetoskop avhenger av bruksscenarioet og miljøet:
På vanlige poliklinikker, hvis stetoskopet kun brukes til generelle pasienter og det ikke er noen åpenbar kontaminering, anbefales det å desinfisere det 1-2 ganger i uken.
På avdelinger som barne- og luftveisavdelinger som lett utsettes for smittsomme patogener, eller på spesielle områder som infeksjonsavdelinger og intensivavdelinger, bør desinfeksjon utføres etter hver bruk.
Hvis stetoskopet brukes av flere forskjellige pasienter i løpet av kort tid, er det best å desinfisere det etter hver bruk, selv om intervallet er kort.